sunさん情報ありがとうございます。
01.SDカードの直下に「titles」と
「gm9」というフォルダを作り、その中に「out」フォルダを作成
※2017/7/13 v1.2.7以降のフォルダ構成に修正
02.「titles」フォルダに****.3dsファイルを入れる
03.GodMode9起動
[0:]SDCARD → titles の順に進み
変換したい ****.3ds ファイルでAボタン
NCSD image options… → Build CIA from file でAボタン
変換が始まり、終わったらAボタン、その後STARTボタンで再起動。
変換されたciaファイルはSDカードの「gm9/out」フォルダに入っているので
FBIなどでインストールする。
GodMode9で.3ds→cia変換