何人かこの方法で接続確認取れたので公開します。
NDSHOPさんに聞いてここまでたどり着きました。
拡張子は変更の必要はなく 3DSのままでオッケー。
1.MicroSD内のsettings.txtに
CREATE_PER_GAME_SETTINGS=1
を追記して一度ゲームを起動させたあとゲーム終了
2.settings.txt内
CREATE_PER_GAME_SETTINGS=0 に戻す
3.ROM名と同じ名前で出来たcfgファイルをテキストエディタで開く。
GAMESAVE_KEY= にプライベートヘッダを記入する。
ここですね。Gateway3DSHelperは使いません。簡単！！！！
あとは上書き保存して再度ゲームを始めてオンラインにつなぐだけ！
プライベートヘッダは各自入手で。
妖怪ウォッチから取り出したプライベートヘッダを使用して
接続をできることも確認しました。
でも、基本はMHXから自炊したヘッダを使用してます。怖いので。
12/29 追記
すでにセーブを作った後、ヘッダを追記したり変更した場合は
SKY3DS側のsavファイルを消せばいいみたい。
既存のセーブデータ自体は本体SD側なので影響を受けない。
数回やって大丈夫だったのでたぶん平気。
でも必ずバックアップをとってからやってください。