sunさんよりコメントに頂きました。
ありがとうございます。
※事前にDecrypt9WIPの導入が必要ですが
導入済みですよね。
01.SDカードのルートにD9GAMEフォルダを作る
02.3dsのゲームファイルをD9GAMEにコピー
03.Decrypt9WIP起動
04.Content Decryptor Options を選択
05.CIA Builder Options を選択
06.Build CIA from NCCH/NCSD を選択して変換開始
07.FBI起動D9GAMEのCIAファイルをインポートする
簡単ですねー。