sunさんよりコメントにいただきました。
sunさん、glanheitさん情報ありがとうございます。
01.SDカード直下に「D9Game」フォルダがなければ作る
02.Decrypt9WIP起動
03.Gamecart Dumper Options 選択
04.Dump Cart (full) 選択して変換開始
SDカードのD9Gameフォルダに生成されます
Ultimate GBA VC Injector for 3DS 1.6
を使ってGBAのROMをCIAに変換
Ver1.5まではバナーイメージを自作してましたが
Ver1.6からはダウンロード出来るようになりました
（バナーとゲームアイコン）